Сюжет гри був написаний NetherRealm Studios у співпраці з письменниками DC Comics. Обіцялося, що в битві між добром і злом будуть зроблені епічними та у великому масштабі. NetherRealm Studios зробила гру схожою на інші файтинги, типу Mortal Kombat, у якому за допомогою кінематографічного оповідання буде показана історія з життя кожного персонажа. За словами провідного дизайнера Джона Едвардса, у грі будуть додані взаємодії між персонажами, які зазвичай не боролися б один з одним. Наприклад, шанувальник ґаджетів Бетмен проти Супермена.