Ben 10: Omniverse 2 продовжує пригоди Бена 10, якому належить битися з новою галактичною загрозою в особі раси прибульців Інкурсеан. Відправившись на Землю разом зі своїм партнером Азмутом, герой потрапляє на міжгалактичний військовий корабель Інкурсеанців, де має зірвати плани імператора Майлеуса.

У Ben 10: Omniverse 2 гравці отримають доступ до 10 форм трансформації (17 на 3DS), кожна з яких наділяє Бена різними здібностями. Також у грі є кооперативний режим.