Ben 10: Omniverse 2 продовжує пригоди Бена 10, якому належить битися з новою галактичної загрозою в особі раси прибульців Инкурсеан. Відправившись на Землю разом зі своїм партнером Азмутом, герой потрапляє на міжгалактичний військовий корабель Инкурсеанцев, де повинен зірвати плани імператора Майлеуса.

В Ben 10: Omniverse 2 гравці отримають доступ до 10-ти форм трансформації (17 на 3DS), кожна з яких наділяє Бена різними здібностями. Також в грі присутній кооперативний режим.