Дія Perfect Dark Zero відбувається за кілька років до оригінальної гри, що вийшла 2000 року для Nintendo 64. Шпигун Джоанна Дарк (Joanna Dark) слугує в парі з батьком Джеком проти таємничих корпорацій, які намагаються зашкодити майбутньому планети. Щоб розбити злу змову та врятувати світ, гравець втілюється у формі відомого шпигуна, як і раніше, озброєного до зубів hi-tech зброєю й ґаджетами, яким позаздрував би і Джеймс Бонд. Perfect Dark Zero гідна фільмів про Джеймса Бонда.