Світ Shining Force EXA впроваджений у тривалих руйнівних воєн. Дві країни з'ясовують відносини через затяжний воєнний конфлікт, закликаючи собі на допомогу армії страшних диявольських істот. Через багато десятиліть після початку війни жодна зі сторін не змогла досягти будь-якого успіху, єдине, до чого вони прийшли — глобальне розруху та спустошення. У Shining Force EXA ви приймаєте керування двома персонажами. Метою Тота, воїна, який може керувати потужною Сяйливою Силою (Shining Force), є об'єднання розорованого на шматки світу, у якому він живе. Могутня чарівниця Cyrille, яка також бажає світлого майбутнього своїй батьківщині, допомагатиме Тота в цьому нелегкому заході