Перша відеогри, що ґрунтується на всесвіті Матриці.

Дія гри протікає одночасно з сюжетом фільмів «Матриця: Перезавантаження» і «Аніматриця», починаючися за хронологією відразу після фільму «Останній політ Осіріса», у якому екіпаж корабля Осіріс залишає в Матриці послання про машини, що копають хід до Зіону, зв'язуючи воєдино сюжети мультфільму та фільму. Головними героями гри є Ніобе та Примара, другорядні персонажі фільму «Матриця: Перезавантаження».

Гравцеві потрібно виконувати завдання, попутно вбиваючи ворогів, використовуючи рукопашний бій та різне озброєння. Є комбінації клавіш для виконання різних приймань і ударів. Є можливість вмикати bullet-time, який уповільнює час і дає можливість робити незвичайні дії (далеко стрибати, здійснювати нові бойові прийоми, ухилятися від куль). Bullet-time обмежений, відновлюється поступово. Якщо гравець деякий час не зазнає ушкоджень, його здоров'я автоматично відновлюється.

Як ворогів слугують переважно органи правоохоронних органів. Крім них, гравець зустрінеться з вампірами, а також агентами.

На окрему увагу заслуговує система хакерства в грі, завдяки якій можна відкрити додатковий рівень і отримати меч, що вбиває противника з одного удару.