Naruto Shippuden: Ultimate Ninja 4 — перша гра в серії, яка переходить у сюжетну лінію Shippuden. Нещодавно доданий режим "Master Mode" розповідає оригінальну історію, яка відбувається під час подорожі Наруто з Джіраєю і зосереджена навколо демона на ім'я Чорна Тень, який вимагає людських жертв від сусідній села. Після того, як ця проблема буде розв'язана, режим продовжить звичайну сюжетну арку Shippuden "Казекаге". Режим "Майстер" містить невеликий, але відкритий ігровий світ, який гравець може досліджувати. Наруто може збирати предмети, боротися з ворогами та розмовляти з людьми, щоб просуватися вперед. Однак основне місце в грі Ultimate Ninja, як і раніше, займають бої, які були вдосконалені та розширені в Ultimate Ninja 4. Коли два супротивники стикаються, вони починають серію високошвидкісних атак, з'являючись у формі пари розмитих плям, що млинять по сцені. Переможець визначається в грі, схожій на "Камінь, ножиці, папір". Також додано "Пробуджувальний дзюцу" — техніка, потужніша, ніж стандартне Ultimate Jutsu, і, як випливає з назви, "пробуджуюча" приховані здібності персонажа, які можна використовувати тільки за дотримання певних умов.