Сюжет Star Wars Bounty Hunter тісно пов'язаний із подіями другої частини епопеї (Star Wars: Episode II Attack Of The Clones) і в деякому сенсі є їх передвиробкою. Пройшовши гру, ви дізнаєтеся, як Джанго був обраний для важливої та відповідальної місії — стати зразком для Армії Клонів.