Події Grandia III розгортаються в безіменному вигаданому світі з добре розвиненими технологіями та магією. Головним героєм виступає молодий чоловік на ім'я Юкі, який керує повітряним транспортним засобом і мріє стати великим пілотом, наслідуючи свого кумира, легендарного капітана Шмідта.

Однак, коли він разом із матір'ю зустрічає дівчину Альфіну, здатну взаємодіяти з сторожами, відповідальними захисниками світу, вони виявляються втягнутими в грандіозну пригоду, під час якого мають розкрити таємничі секрети минулого та здолати злого духу на ім'я Ксорн.