"Jenseits von Gut und Böse" з німецького перекладається як "по той бік добра та зла". Назва другої частини невипадково відсилає нас до книги Ніцше, де він розглядає силу, яка рухає все, що сухе. Проект славиться глибоким сюжетом, побудованим на науково-фантастичних основах. Він зачіпає різні культурні аспекти, включно з поглядами та філософськими уявленнями. Для тих, хто проґавив першу частину гри, розробники вставили ролики, що свідчать про події Xenosaga. Персонаж Shion і KOS-MOS надалі не приймають магічну надзброю, яка здатна знищити все в цьому світі.