Дія гри розгортається в "Непіпії", країні всесвіту Неопететів, яка населена антропоморфними версіями різних видів неопетів. Пригоди ґрунтується на історії, написаній засновником Neopets Адамом Пауеллом.

Давним-давно темна фея була укладена у в'язницю на дні Маракуанського моря в покарання за заміну захопити королівство, її ім'я було стерте з історії, а фея запам'ятовувалася тільки як "найтемніша фея". Однак через тисячу років заклинання, що поміщає до в'язниці темну фею, слабшає й руйнується, і фея бігає, повертаючись на поверхню з наміром захопити королівство Неопія й помститися королеві Фей Фйоре, яка уклала її у в'язницю.