Через 67 років після Armored Core: Master of Arena друга за величиною корпорація Землі, Zio Matrix, набуває плани дослідницького проєкту на Марсі, що датується ще до «Вільного руйнування». Використовуючи ці плани, Zio відправляє дослідну групу на Марс, щоб почати проєкт терраформування, унаслідок якого марсіанська поверхня й атмосфера наближаються до земної. Інші корпорації дізнаються про проект і швидко йдуть за Zio Matrix, приносячи із собою конкурентне середовище, яке було на Землі. Вони також приносять із собою групу найманців Nerves Concord (ремієнтів Raven's Nest з попередніх ігор).

Коли війна трьох компаній підходить до кінця, найпотужніша, Zio Matrix, підтримує швидку державного перевороту проти уряду, яка відновила контроль за допомогою своєї елітної команди найманців Frighteners, очолюваною Леосом Клейном (сею Рікія Кояма). Але в подальшому хаосі Frighteners нападають на уряд, вбиваючи нового лідера LCC (підстави світового уряду на Марсі) і захоплюючи потужну технологію Disororer. Персонаж гравця призначений протистояти їм і врятувати людей, які живуть на Марсі.