Марс, 2170 рік — з моменту закінчення подій Red Faction: Guerrilla, попередньої гри серії, пройшло 50 років. Тоді сили опору та їх союзником вдалося відстояти свою свободу та встановити на планеті мир і спокій. Однак тривали вони недовго. Внаслідок техногенної катастрофи жити на поверхні Марса стало неможливо, і колоністам довелося переселитися в єдине безпечне місце — підземні печери.

Головний герой гри - Даріус Мейсон (Darius Mason), онук Алека Мейсона, провідного персонажа Red Faction: Guerrilla. Даріус заробляє на життя небезпечними ремеслами — він і шахтаєр, і сміттєзбірник, і найманець. За волею випадку він пробудить стародавнє зло, яке здатне знищити всю Червону планету. І саме йому разом із легендарною «Червоною бригадою» (Red Faction) доведеться врятувати мешканців Марса — якщо, звичайно, вдасться вижити в тутшніх нелюдських умовах.