Історія Portal II починається за кілька сотень років після подій першої гри. Ваші дії в першому порталі пробудили десятки особистісних ядер. Один із цих ШІ-Вітлі. Скидач від одноманітності лабораторій Aperutre, він вирішує вийти назовні. Для цього він будить Чел — головну героїню першої гри, що залишилася в сплячці. І, зрозуміло, пропонує їй шанс втекти. На жаль, не все йде за планом, і вони удвох натикаються на Глекдос. Це ворожий штучний інтелект, який спить із моменту подій у першій грі. Коли вона прокидається, ІІ вирішує картридж і відновити тестування, як ми знаємо це з порталу.