Army of Two: The 40th Day використовує кооперативний підхід для створення екшн-геймплею. Взаємодія напарників має природніший вигляд, порівнюючи з першою частиною гри, а динаміка не сповільнюється ні на хвилину, навіть у роликах. Це сучасний бойовик, який представляє інноваційну систему спільної гри з використанням великого арсеналу модифікованої зброї. На відміну від першої частини, дія якої тривала кілька років і відбулася в різних куточках світу, події сиквела розвиваються в Шанхаї впродовж декількох днів. Ріос і Салем знову в строю: вони виконують завдання для TransWorld Operations — своєї приватної військової корпорації. Вони беруться за роботу, яка здається занадто простою: вбити кілька охоронців, виконати парочку доручень і отримати чек на круглу суму. Але після того, як їхня місія начебто завершена, у Шанхай занурюється в справжнє ад. Завдання злітають на повітря, літаки падають із неба, навколо панує повний хаос. Салему та Ріосу потрібно вижити, щоб з'ясувати, хто стоїть за всім цим і розкрити секрет 40-го дня. Основи ігрової механіки гри, порівнюючи з оригіналом, змінилися не сильно. Ці компоненти були ретельні пропрацьовані та доповнені, так що гра стала тільки свіжішою та глибшою. Знайома за першою частиною система Аггро стала кращою: персонажі можуть злагоджено діяти разом — коли один боєць відвертає ворога вогнем, його напарник підійти до ворога з іншого боку. Покращений штучний інтелект допомагає проводити скоординовані атаки, які вплетені в гру органічніше, порівнюючи з оригіналом. Також з'явилася нова система GPS, за допомогою якої можна помітити ворога та знайти шлях. Ще один новий елемент, система моральності, дає змогу гравцям робити вибір у напрямку гри, наприклад, піклуватися тільки про себе та вбивати всіх на шляху, або заважати солдатам і рятувати місцевих. Незалежно від рішення гравця після його вибору демонструється ролик, у якому показуються наслідки досконалого вчинків, як миттєві, так і віддаленіші. Ця система впливає зокрема й на екіпірування, яке отримують персонажі в міру проходження місій. Важливо і те, що в грі з'явилося набагато більше можливостей щодо кастомізації персонажів. Як і у випадку з першою частиною найкращим варіантом залишається гра з людьми в онлайні або на спліт-скрині. Мультиплеєр підданий переробці та містить три режими з підтримкою до 12 осіб.