Вплив подій гри розгортаються в окрузі Хоуп, де також відбулися події Far Cry 5. Однак у Far Cry New Dawn гравець опиняється в знайомому місці через 17 років після глобальної кісткової катастрофи, у 2035 році. Як і раніше, у нього немає імені, є тільки звання капітана. Він входить до загону Томаса Раша, завдання якого — будівництво й захист будинків у всьому західній узбережжя постапокаліптичного США. Їм допомагає Карміна, дочка Ніка Рая.

Головними антагоністами частини виступають Близнюки (Мікі та Лу) — дві сестри, які очолюють банду безжальних рейдерів «Хайвеймен», в російському перекладі «Рейдери».

Також із нововведень з'явилися так звані «вилазки». Головний герой на вертольоті «Картофеліна», керованого Ріже Кадоре, може подорожувати за ресурсами в далекі місця: авіаносець, міст через річку Колорадо, в'язницю Алькатрас, літак, парк розваг, місце падіння МКС, атомна електростанція.

Також одним із ключових персонажів є Йосип Сид, який зміг вижити й заснуватирю «Новий Едем». У нього відбуваються перепалки з його сином Ітаном, який народився ще до війни, але поза браком. З його слів, Йосип покинув «Новий Едем» у найпотрібніший момент, і Ітан, очолившиgrею, всі ці роки мріяв поквитатися з батьком.

За сюжетом головний герой проникає в штаб Рейдерів і дізнається про те, що Ітан склав з останніми ланкою про те, що вони знищуючи поселення «Новий Едем» і в такий спосіб Ітан відомстить батькові.

Після тривалої битви за поселення головний герой слідує до Яблуні Едему та застає Ітана та Йосипа за поясненням того, хто мав бути правити 65ою «Новий Едем». Ітан ослуховується заборон батькових і, смакивши «Плод пізнання», звертається в гігантське диво (плод із того дерева здатний звільнитигрітигріхи людини та в такий спосіб давши змогу їй подолати їх). Головний герой перемагає Ітана й той вмирає на руках власного батька. Від ковзності Йосип просить вбити його й у такий спосіб завершити цей цикл насильства.

Гравець може як вбити Йосипа, так і потішити. Незалежно від дій гравця, після кінцівки починається вільний режим.