У землях Регалзин розміщена гільдія алхіміків, члени якої одержимі магічною силою, назвою «мана». Вони вміють керувати елементами та з'єднувати магічні предмети. одному з алхіміків на думку прийшла ідеяust давнього божества, яке, нібито, принесе людству мир і щастя. Зупинити безумця та врятувати світ викликався протегоніст гри, Кляйн, який майстерно володіє магією.

Atelier Iris: Eternal Mana продовжує серію японських РПГ із покроковими боями. Використовуючи магію, вам доведеться створювати предмети та вивчати корисні здібності, які допомагатимуть не тільки під час битв, але також у виконанні головоломок.