У Teenage Mutant Ninja Turtles 3: Mutant Nightmare четвірка зелених героїв знову вступає в бій проти свого заклятого ворога Шреддера. Проект має також вигляд як і попередні дві частини серії, а грати можна як одному, так і в компанії з друзями. Під час гри з друзями ви зможете використовувати спеціальні командні атаки, що завдають нищівних ударів вашим противникам.

Крім цього, з'явився режим «ultimate turtle», у якому герой стає повністю невразливим для атак противника та може з легкістю впоратися з цілою армією ворогів. Збираючи спеціальні предмети, ви зможете підвищувати характеристики Черепашок Ніндзя, відкривати нові техніки та особливі удари.