Игра происходит на вымышленной земле под названием Сома, спустя три года после жестокой массовой войны, а именно "Большой войны Shinra", опустошившей землю и убившей большинство ее обитателей. Человечество вынуждено сплотить свои усилия ради выживания и восстановления окружающей среды, в особенности леса. Используя новую найденную технологию, алхимик по имени Hiodoshi возглавлял Проект под названием "Espgaluda", в котором собрал молодых людей и использовал их как экспериментальные объекты для искусственных бронированных крыльев. Их назвали "Galuda", в честь мифической птицы легенды. Ageha и Tateha - были двумя из этих "подопытных", которые сбежали во время проекта. В конце Эспгэлуды они воссоединились с их матерью и жили мирно, в тени. Действие Эспгэлуда II начинается, когда они были обнаружены.