Действие игры разворачивается в Японии в стилистике альтернативного будущего, приправленного элементами фэнтази.
Прошло два месяца после событий предыдущей части игры, когда Анжелия Аваллон открыла в регионе Канто Японии врата в другое измерение, собираясь использовать это в своих целях, но потерпела поражение. Была создана организация "Дрекслер", члены которой во время войны занимались насаждением темных искусств в Европе, и целью которой стало распространение своего влияния по всему миру. Японское отделение "Дрекслер" было уничтожено европейским бюро "Священного Духа", другой организации, которая всегда старалась помешать темным силам и в своё время разгромила их в Европе - после чего "Священный Дух" открыла на этом месте собственное отделение под названием "Розенберг". Однако сразу же после этого по всей Японии начали появляться пространственные разломы и пошли слухи, что за этим стоит "Розенберг" и "Дрекслер", которые то ли выжили, то ли вообще не были уничтожены в своё время...
Японское отделение "Священного Духа" посылает своих Святых Дев, Валькирий, чтобы разузнать, в чём же дело - и одной из них является Вейсс, главная героиня игры.