Сюжет игры был написан NetherRealm Studios в сотрудничестве с писателями DC Comics. Обещалось, что в битвы между добром и злом будут сделаны эпическими и в большом масштабе. NetherRealm Studios сделала игру похожей на другие файтинги, типа Mortal Kombat, в котором с помощью кинематографического повествования будет показана история из жизни каждого персонажа. По словам ведущего дизайнера Джона Эдвардса, в игре будут добавлены взаимодействия между персонажами, которые обычно не сражались бы друг с другом. Например, любитель гаджетов Бэтмен против Супермена.