Ben 10: Omniverse 2 продолжает приключения Бена 10, которому предстоит сразиться с новой галактической угрозой в лице расы пришельцев Инкурсеан. Отправившись на Землю вместе со своим партнером Азмутом, герой попадает на межгалактический военный корабль Инкурсеанцев, где должен сорвать планы императора Майлеуса.

В Ben 10: Omniverse 2 игроки получат доступ к 10-ти формам трансформации (17 на 3DS), каждая из которых наделяет Бена различными способностями. Также в игре присутствует кооперативный режим.