В 2099 году учёный компании Алхимакс Вальтер Слоун, стремясь получить власть и богатство, путешествует во времени в наши дни, чтобы, используя свои знания технологий будущего, основать Алхимакс намного раньше своего времени. Это оказывает последствие на будущее 2099, в котором царит антиутопия и Алхимакс держит мир в «железном кулаке». Мигель О’Хара/Человек-паук 2099 узнаёт план Слоуна, оказывается, изменения затронули не только будущее, но и прошлое, что привело к гибели Питера Паркера/Человека-паука от руки Анти-Венома. Мигель отправляется в прошлое, чтобы предупредить Питера, и теперь оба паука должны действовать сообща, чтобы не только спасти будущее, но и жизнь Питера Паркера.