Действие Perfect Dark Zero происходит за несколько лет до оригинальной игры, вышедшей в 2000 году для Nintendo 64. Шпион Джоанна Дарк (Joanna Dark) выступает в паре с отцом Джеком против таинственных корпораций, пытающихся угрожать будущему планеты. Чтобы разбить злобный заговор и спасти мир, игрок воплощается в виде известного шпиона, по-прежнему вооруженного до зубов hi-tech оружием и гаджетами, которым позавидовал бы и Джеймс Бонд. Perfect Dark Zero достойна фильмов про Джеймса Бонда.