Оскільки гра є вступним розділом складової історії, її сюжет, головно, знайомить гравця з основами. Дія відбувається у віддаленому майбутньому, коли люди вже колонізували космос і створили міжзоряну цирулію, а Земля виявилася розбитою. Нині людство бореться з расою загадкових і агресивних істот, відомих як Гнозис. Водночас прихильники фракції намагаються захопити контроль над загадковим артефактом, відомим як Зохар. Це пристрій, що за слуху має величезну силу. У процесі цього конфлікту дослідник Шион Узуки перебуває на кораблі, що транспортує емулятор Зохара. Емулятор працює подібно до Зохара, але з куди меншою міццю. Шион проводить тести на бойовому андроїді KOS-MOS, розробленому для знищення Гнозису. У цей час корабель зазнає нападу істот. Шион і напарник-дослідник Аллен Ріджеллі ховається за допомогою KOS-MOS і незабаром занурюється в змову галактичного масштабу