Первая видеоигра, основанная на вселенной Матрицы.

Действие игры протекает одновременно с сюжетом фильмов «Матрица: Перезагрузка» и «Аниматрица», начинаясь по хронологии сразу после фильма «Последний полёт Осириса», в котором экипаж корабля Осирис оставляет в Матрице послание о машинах, копающих ход к Зиону, связывая воедино сюжеты мультфильма и фильма. Главными героями игры являются Ниобе и Призрак, второстепенные персонажи фильма «Матрица: Перезагрузка».

Игроку нужно выполнять задания, попутно убивая врагов, используя рукопашный бой и разное вооружение. Существуют комбинации клавиш для исполнения разных приёмов и ударов. Есть возможность включать bullet-time, который замедляет время и даёт возможность делать необычные действия (далеко прыгать, совершать новые боевые приёмы, уклоняться от пуль). Bullet-time ограничен, восстанавливается постепенно. Если игрок некоторое время не получает повреждения, его здоровье автоматически восстанавливается.

В качестве врагов выступают преимущественно органы правопорядка. Кроме них игрок встретится с вампирами, а также агентами.

Отдельного внимания заслуживает система хакерства в игре, благодаря которой можно открыть дополнительный уровень и получить меч, убивающий противника с одного удара.