У третій частині, що завершує космічну оперу Xenosaga, під назвою "Так говорив Заратустра" ми знову повертаємося до питань релігії та філософії. Події розгортаються через рік після завершення другої частини. Героїняометраометрагінія залишила Vector Industries, коли знайшла темні справи компанії та плани її президента захопити всесвіт. Вона залучилася до супротивника компанії Scientia. wn вирушає до П'ятого краю, де з'єднується з командою Xenosaga. Їх чекає зіткнення з потужною силою й новітніми науковими розробками суворих глобалістизаторів. У цей час один талановитий вчений створює андроїда T-elos, яка дуже схожа на KOS-MOS.