Пригоди героїв Digital Devil Saga не закінчилися бігом із сумного світу Шувалки (Junkyard), де ніколи не звучали дитячі голоси та не світило ласкаве сонце. Вониломендували опинитися в граді новому, Нірвані, забути про щоденну боротьбу за виживання у війні кланів, як про кошмарний сон. Вони мріяли вилікуватися від страшного «вірусу», який перетворює людей на демонів, одержимих єдиною пристрастю — вгамувати нестерпний голод, пожираючи собі подібних. Вони втілювали собою надії інших — тих, хто віддав життя, щоб маленька хоробрієцов вирвалася із замкнутого круга Свалкі. Але перепустка в рай виявилася квиткою в ад.

Shin Megami Tensei: Digital Devil Saga 2 підхоплює естафету в першої частини, продовжуючи розповідь рівно з тієї сцени, на якій вона й закінчилася. Спочатку навіть складно повірити, що перед очима самостійна гра, а не другий диск Digital Devil Saga номер раз Але щойно сюжетні ролики підходять до кінця і герої вирушають досліджувати Нірвану, з'ясовується, що починають вони з нуля. Весь колишній досвід за час подорожі розтанув, як туман.