Согласно основной сюжетной линии, Лару обвиняют в убийстве её прежнего наставника Вернера фон Кроя. Пытаясь разобраться в обстоятельствах его смерти, главная героиня отправляется в Европу, где ищет древние картины Обскура. Лара Крофт становится непосредственной участницей противостояния тайных сообществ, в центре которого — алхимик, желающий воскресить нефилима.