Сюжет Star Wars Bounty Hunter тесно связан с событиями второй части эпопеи (Star Wars: Episode II Attack Of The Clones) и в некотором смысле является их предысторией. Пройдя игру, вы узнаете, каким образом Джанго был выбран для важной и ответственной миссии — стать образцом для Армии Клонов.