События Grandia III разворачиваются в безымянном вымышленном мире с хорошо развитыми технологиями и магией. Главным героем выступает молодой человек по имени Юки, управляющий воздушным транспортным средством и мечтающий стать великим пилотом, подражая своему кумиру, легендарному капитану Шмидту.

Однако, когда он вместе с матерью встречает девушку Альфину, способную взаимодействовать со стражами, духовными защитниками мира, они оказываются втянутыми в грандиозное приключение, в ходе которого должны раскрыть таинственные секреты прошлого и одолеть злого духа по имени Ксорн.