Война клонов в разгаре! В знак доброй воли по отношению к Республике криминальный авторитет хатт Джабба соглашается поделиться с джедаями информацией о контрабандистах-сепаратистах, действующих на его территории. Слухи о войне распространяются с невероятной скоростью, и Оби-Ван Кеноби отправляется на Набу, чтобы обсудить тревожные новости с сенатором Падме Амидалой. В то же время Энакин Скайуокер и его падаван Асока Тано методично уничтожают остатки армии дроидов на недавно освобожденной планете Рилот…

Выбрав своего героя — джедая или солдата-клона, игрок станет участником абсолютно новой истории во вселенной «Звёздных войн», события которой разворачиваются в декорациях мультсериала и являются связующим звеном между первым и вторым сезонами.