В 2401 году сержант Кортес покидает космическую станцию, которую посетил в конце своего предыдущего путешествия. Вскоре он обнаруживает, что найденные им кристаллы могут привести в действие машину времени. Обнаружив следы деятельности TimeSplitter в различные периоды времени на Земле, Кортез садится на машину времени и отправляется в эти периоды, надеясь помочь различным персонажам в их битвах со злом.

TimeSplitters: Future Perfect - шутер от первого лица, в котором игроки сражаются за свой путь через тринадцать сюжетных миссий, разбросанных по шести временным периодам, в одиночку или совместно. Арсенал главного героя варьируется в зависимости от периода времени, в который он путешествует: например, путешествие в 1924 год позволит Кортесу владеть оружием Первой мировой войны; в советской обстановке 1960-х годов хранится различное местное огнестрельное оружие того времени; этапы, которые происходят в будущем, содержат соответствующее футуристическое оружие и т. д.