Спустя 67 лет после Armored Core: Master of Arena вторая по величине корпорация Земли, Zio Matrix, приобретает планы исследовательского проекта на Марсе, датируемого ещё до «Великого разрушения». Используя эти планы, Zio отправляет исследовательскую группу на Марс, чтобы начать проект терраформирования, в результате которого марсианская поверхность и атмосфера приближаются к земной. Другие корпорации узнают о проекте и быстро следуют за Zio Matrix, принося с собой конкурентную среду, существовавшую на Земле. Они также приносят с собой группу наёмников Nerves Concord (преемников Raven's Nest из предыдущих игр).

Когда война трёх компаний подходит к концу, самая могущественная, Zio Matrix, предпринимает попытку государственного переворота против правительства, которое восстановило контроль с помощью своей элитной команды наёмников Frighteners, возглавляемой Леосом Клейном (сэйю Рикия Кояма). Но в последовавшем хаосе Frighteners нападают на правительство, убивая нового лидера LCC (представительства земного правительства на Марсе) и захватывая мощную технологию Disorder. Персонажу игрока поручено противостоять им и спасти людей, живущих на Марсе.