Марс, 2170 год - с момента окончания событий Red Faction: Guerrilla, предыдущей игры серии, прошло 50 лет. Тогда силам сопротивления и их союзником удалось отстоять свою свободу и установить на планете мир и спокойствие. Однако длились они недолго. В результате техногенной катастрофы жить на поверхности Марса стало невозможно, и колонистам пришлось переселиться в единственное безопасное место - подземные пещеры.

Главный герой игры - Дариус Мэйсон (Darius Mason), внук Алека Мэйсона, ведущего персонажа Red Faction: Guerrilla. Дариус зарабатывает на жизнь опасными ремеслами - он и шахтер, и мусорщик, и наемник. По воле случая он пробудит древнее зло, которое способно уничтожить всю Красную планету. И именно ему вместе с легендарной «Красной бригадой» (Red Faction) придется спасти жителей Марса - если, конечно, удастся выжить в здешних нечеловеческих условиях.