В землях Регаллзин находится гильдия алхимиков, члены которой одержимы магической силой, называемой «мана». Они умеют управлять элементами и соединять магические предметы. Одному из алхимиков в голову пришла идея воскресить древнее божества, которое, якобы, принесет человечеству мир и счастье. Остановить безумца и спасти мир вызвался протагонист игры, Кляйн, искусно владеющий магией.

Atelier Iris: Eternal Mana продолжает серию японских РПГ с пошаговыми боями. Используя магию, вам предстоит создавать предметы и изучать полезные способности, которые будут помогать не только во время сражений, но также в решении головоломок.