В Teenage Mutant Ninja Turtles 3: Mutant Nightmare четверка зеленых героев вновь вступает в бой против своего заклятого врага Шреддера. Проект выглядит также, как и предыдущие две части серии, а играть можно как одному, так и в компании с друзьями. При игре с друзьями, вы сможете использовать специальные командные атаки, наносящие сокрушительные удары вашим противникам.

Кроме этого, появился режим «ultimate turtle», в котором герой становится полностью неуязвимым для атак противника и может с легкостью расправится с целой армией врагов. Собирая специальные предметы, вы сможете повышать характеристики Черепашек Ниндзя, открывать новые техники и особые удары.