Prince of Persia: The Two Thrones - это трехмерный приключенческий платформер с большим количеством противников и головоломок, продолжающий сюжет предыдущих двух игр. Принц с Кайлиной возвращаются в Вавилон, но по прибытию на родину их корабль подвергается обстрелу. Кайлину захватывают в плен и позже убивают.